Bir dönem Gençlerbirliği'nde de görev alan Çapa'nın ismi Gençlerbirliği ile anılmaya başlandı. Başarılı teknik direktör Fuat Çapa Eskişehirspor'da zor şartlar altında özellikle gençler ile başarılı bir sezon geçirmişti. Çapa, küme düşer denen takımı son ana kadar Play-Off hesapları yapar hale getirmişti. Çapa, 2011-2013 sezonlarında görev almış İlhan Cavcav ile en uzun süren çalışan teknik adam olmuştu. Gençlerbirliği yönetiminin Çapa ile temas halinde olduğu gelen bilgiler arasında.